OTU/ASV 稀释曲线

前言

🔬【微生物组数据分析小课堂】📊
什么是OTU/ASV稀释曲线（Rarefaction Curve）？

✨ 作用：评估测序深度是否足够反映样本真实多样性！
📈 怎么看：曲线平缓=测序充分；上升中=需更多数据
💡 关键点：
1️⃣ 比较不同样本时建议统一抽样深度
2️⃣ ASV（精确序列变异）比OTU（97%相似聚类）灵敏度更高

数据准备

OTU或者ASV表格(本次使用的数据是软件中内置的示例数据，故不再上传)，第一列是OTU的编号，后面的一列是一个样本

使用EcoAmp计算稀释曲线

打开软件，找到α稀释曲线 的功能

将准备好的数据拖入软件中，设置好参数点击运行

运行结果展示

不同的reps形成的曲线结果的平滑度不一样

可以后续使用折线图绘图工具对结果进行美化，计算艾尔法多样性稀释曲线结果到此结束