EcoAmp 介绍

1、什么是EcoAmp？

它的名字来源于设计它的目的，是一款为生态学者来用于扩增子分析的软件(A software for Ecologists to analyse Amplicon data.)，也就是取了前几个字母的缩写。也许后面会加入一些处理宏基因组相关的功能，到时候软件的名称叫做什么就是以后的事情了。

2、为什么开发这个软件

在本科期间我是生物学出身的，经常使用陈老师开发的TBtools来处理一些数据，觉得十分好用。然后研究生硕士之后接触了生态学领域，主要打交道的是扩增子数据的处理分析，现在主流的分析工具是R语言，网上有很多教程分享脚本的（在微信公众比如：生态R学社、BioGenius班、清同趣科研等公众学习了很多内容）。然后我觉得每次学一个新的分析都要一直学习代码，R语言的学习成本和时间是需要花费比较多的，我就在想能不能将一些主流的分析方法和R语言脚本集成到一个软件当中，当然网上现在有很多的在线分析网站，我发现他们的一些问题是在线的数据自己的数据有一定的风险，还有就是参数不够多，再者就是收费限制开会员什么的，于是我将我最近一些时间用到的R代码（有些是Python脚本）集成到一个软件中，于是EcoAmp出现了。

3、它的功能有哪些？

目前来说大概有50多个功能，主要包括扩增子数据下游的分析例如OTU的一键抽平、稀释曲线的计算、α多样性的批量计算、批量绘制柱状图箱线图并进行统计学显著性标记、PCoA、NMDS、RDA、CCA、rdacca.hp的层次分割、随机森林的一键计算、线性拟合、组内(间)相关性热图、Mantel检验、物种分布堆叠图、差异火山图、物种曼哈顿图、三元图、Lefse、STAMP等扩增子分组中用到的一些功能。

图片展示预览：

4、他的运行界面是怎么样的？

通过界面化来控制绘图的参数：

5、如何下载

科技云盘：https://pan.cstcloud.cn/s/EAFGDEKDSwQ

百度云盘： https://pan.baidu.com/s/1KcAtbvLztQ5GM_sMEpPaxw?pwd=7xfi 提取码: 7xfi

123云盘： https://www.123684.com/s/g5qnjv-rYzaH

天翼云盘： https://cloud.189.cn/web/share?code=ju6zqmyMjUBv（访问码：9fqs）

6、如何安装

EcoAmp安装教程：https://www.leoduo.cn/ecoamp_install.html

MacOS安装教程：https://www.leoduo.cn/ecoamp_insatall_macos.html

7、是否免费

个人使用完全免费，以后也不会收费。

在以下情况中，用户可以免费使用 EcoAmp 软件：

学术目的：当用户使用 EcoAmp 旨在开展生态学相关的学术研究，包括但不限于生态系统的结构与功能研究、生物多样性保护研究、生态模型构建与验证等学术课题时，自行使用该软件。同时，用户可以将 EcoAmp 分享给其他人，用于组内成员之间的学术交流、讨论以及针对特定学术问题的培训活动（公益培训），以促进学术思想的碰撞与研究方法的传承，推动学术研究的深入发展。
公益目的：若用户利用 EcoAmp 从事与生态非盈利性质的公益项目，同样可以免费使用该软件。在这些公益场景下，用户可以将 EcoAmp 作为工具，用于校内等教育机构内部的公益培训课程，向学生传授生态知识与技能，培养公众的生态环保意识，助力公益事业的开展。

在以下情况中，用户需要获得 EcoAmp 软件的授权后方可使用：

商业目的：当用户计划将 EcoAmp 用于商业运营或盈利活动时，必须提前取得授权。这包括但不限于将 EcoAmp 作为商业咨询公司的分析工具，为客户提供生态领域的商业咨询服务并收取费用；或者在商业培训课程中，将 EcoAmp 作为培训内容的核心部分，向学员收取培训费用；亦或是将 EcoAmp 作为产品的一部分，与商业软件或服务捆绑销售等情形。无论商业使用的形式如何，只要涉及直接或间接的盈利行为，均需获得相应授权。
收费服务：即使使用 EcoAmp 的目的并非完全出于商业利益，但只要涉及到收费服务，例如举办生态数据分析的收费培训讲座，即使讲座内容包含部分学术分享，但由于存在收费行为，同样需要提前取得 EcoAmp 的使用授权。这体现了对软件知识产权的尊重，确保软件开发者能够合理管控软件的商业应用范围，避免未经授权的盈利性使用损害其合法权益。