EcoAmp 介绍

1、什么是EcoAmp？

它的名字来源于设计它的目的，是一款为生态学者来用于扩增子分析的软件(A software for Ecologists to analyse Amplicon data.)，也就是取了前几个字母的缩写。也许后面会加入一些处理宏基因组相关的功能，到时候软件的名称叫做什么就是以后的事情了。

2、为什么开发这个软件

在本科期间我是生物学出身的，经常使用陈老师开发的TBtools来处理一些数据，觉得十分好用。然后研究生硕士之后接触了生态学领域，主要打交道的是扩增子数据的处理分析，现在主流的分析工具是R语言，网上有很多教程分享脚本的。然后我觉得每次学一个新的分析都要一直学习代码，R语言的学习成本和时间是比较多的，我就在想能不能将一些主流的分析方法和R语言脚本集成到一个软件当中，当然网上现在有很多的在线分析网站，我发现他们的一些问题主要是在线的数据自己的数据有一定的风险，还有就是参数不够多，再者就是收费限制开会员什么的，于是我将我最近一些时间用到的R代码（有些是Python脚本）集成到一个软件中，于是EcoAmp出现了。

3、它的功能有哪些？

目前来说大概有50多个功能，主要包括扩增子数据下游的分析例如OTU的一键抽平、稀释曲线的计算、α多样性的批量计算、批量绘制柱状图箱线图并进行统计学显著性标记、PCoA、NMDS、RDA、CCA、rdacca.hp的层次分割、随机森林的一键计算、线性拟合、组内(间)相关性热图、Mantel检验、物种分布堆叠图、差异火山图、物种曼哈顿图、三元图、Lefse、STAMP等扩增子分组中用到的一些功能。

图片展示预览：

4、他的运行界面是怎么样的？

通过界面化来控制绘图的参数：

5、如何下载

科技云盘：https://pan.cstcloud.cn/s/EAFGDEKDSwQ

百度云盘： https://pan.baidu.com/s/1KcAtbvLztQ5GM_sMEpPaxw?pwd=7xfi 提取码: 7xfi

123云盘：   https://www.123684.com/s/g5qnjv-rYzaH

天翼云盘： https://cloud.189.cn/web/share?code=ju6zqmyMjUBv（访问码：9fqs）

6、如何安装

参考下面的一篇介绍：https://www.leoduo.cn/ecoamp_install.html