FAPROTAX功能注释

1.下载文件

访问http://www.loucalab.com/archive/FAPROTAX/lib/php/index.php?section=Home，下载Download板块最新软件包

2. 数据准备

文件格式的txt的文件，第一列是otu的名称，最后一列是分类的名称 列名设置成 taxonomy，使用的是英文的分号和空格分割的最后一列

3.解压下载的压缩包

解压之后得到这几个文件

将刚才准备的otu文件放入这个文件夹中：

4 .运行程序

右击文件夹的空白处，选择在终端中打开

运行命令：

python collapse_table.py -i ./faprotax_input.txt -o ./out-tax-faprtax-bac.txt -g ./FAPROTAX.txt -r ./report-bac.txt -v --force -d 'taxonomy'

然后会出现一个报错：

然后我们进去python文件把这一行主注释掉，在59行注释掉之后就不会报错可以运行了

再次运行还是有报错，我问了一下deepseek说是因为文件的编码格式问题，就是输入的文件，默认是安装gbk读取的，我们的是utf-8，下面就在相应的位置添加一下打开文件的编码格式。

在429和642 的‘rt’后面行添加  , encoding='utf-8'

然后再次运行就成功了：

运行成功的界面：

查看文件夹中的输出结果：

示例数据和文件

示例数据文件下载：https://www.123684.com/s/g5qnjv-AMzaH

FAPROTAX1.2.10：https://www.123684.com/s/g5qnjv-9MzaH